Ubuntu下icc/MKL编译Octave失败

Ubuntu 11.04 32-bit
GNU Octave 3.2.4/3.4.0
Intel Composer XE 2011.3.174

虽然有着Intel的"官方"介绍, 但遇到的问题还是非常多, 远比编译R时麻烦十倍不止. Google到最后猜到最后力竭而死, make时仍然有n+10086个warning ... 想要完整功能吧, Octave依赖的东西太多, 首先要先装gnuplot, 否则图都没法画. 如果想有其他支持, 就也请先装全qhull/GraphicsMagick/SparseSuite等等n多第三方library吧 ... 这里吐槽一下gnuplot, gnuplot不包含在GPL中, 也与GNU或FSF无关, 但开源, 却不能免费分发修改版, 真纠结啊 ... 叫着这么个名字 ...

自行使用icc/MKL编译Octave的童鞋请好自为之.

Ubuntu下使用icc/ifort/MKL编译R及性能实测

1 基本环境

  • Ubuntu 11.04 32-bit
  • R 32-bit 2.13.0
  • Intel Composer XE 2011.3.174(含icc/ifort/MKL)

MKL(Intel Math Kernel Library), 号称"provides extremely well-tuned BLAS and LAPACK implementations that deliver significant performance leadership over alternative math libraries". 在特定的计算情境下会带来一定的性能提升. 记得哪里看到过Revolution R和MATLAB就有用到MKL. 这里尝试用Intel提供的C和Fortran编译器结合其MKL库编译R, 以期尽量发挥现有硬件的性能. Intel的Composer XE中自带了MKL, 而且icc/ifort基本是傻瓜化安装, 这里不再赘述.

2 编译过程

假设icc/ifort/MKL安装在默认的 /opt/intel/composerxe-2011.3.174/ 目录下.

通常我们会这样简单编译安装:

wget http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/src/base/R-2/R-2.13.0.tar.gz
tar -xf R-2.13.0.tar.gz
cd R-2.13.0
./configure
make
sudo make install

这次具体指定一下参数就好了.

继续阅读

傻瓜式速成教程:20分钟体验Linux+在Linux下玩转R

非郑重声明:对于标题,我从来都是持标题党的态度。如果说我有100%的东西,看我的标题绝对会觉得文中有120%的内容。我是一个彻彻底底的Linux新手,在一周以前从来没碰过Linux,只是在5年前有过一点VMWare WorkStation的使用经历。所以对于一个纯粹的Linux新手,这篇小文章只是局限于傻瓜式的X下,所以此文的非常适合和我一样从来没有接触过Linux的同学。对于各位*nix前辈来说,下面的内容当个笑话看看就可以了,在下不自量力,献丑了 :-)

话说眨眼之间2009年就要过去了,新年新气象,不妨让我们趁这个时候试着用Linux跑R吧!(也许这不是一个好的理由 ..)R的开源优势在同样开源的Linux下能够最大化的体现,以前我总是将信将疑,但是经过几天个人的体验,我一点也不会去怀疑命令行方式比GUI方式的生产效率高出N倍了。首先,*nix装好以后基本上就是一个完善而Unique的开发环境,开发、编译、安装一气呵成,简洁明了。反观Windows,编译个R包还要装一个N兆大小的Rtools和做N多环境变量的设置,看着那些“Friendly”的Manual,我登时晕厥。同时,对于教育网来说,从SourceForge上或者国外站点下载一个Rtools大小的东西实在是慢得可以。而在Linux下,“天空飘过一行字儿,那都不是事儿。” 好了,不扯远了,进入正题。

继续阅读